This is an HTML version of an attachment to the Freedom of Information request 'PCR test'.


Public Liaison Services 
Belfast Health and Social Care Trust 
1st Floor, Nore Villa, Knockbracken Healthcare Park 
Saintfield Road, Belfast, BT8 8BH 
 
T: (028) 9504 5888 
E: xxxxxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxx.xxxxx.xxx 
 
8 April 2021 
 
Our ref: FOI/24124 
 
 
Barbara Jones 
Email: xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxx.xxx  
 
 
Dear Ms Jones, 
 
Re: Limits on Amplification on the PCR test in Northern Ireland 
 
I refer to your Freedom of Information (FOI) request received on 12 March 2021.  Outlined 
below is Belfast Trust’s response, which I hope you find useful. 
 
Question: 
 
What limits on amplification on the PCR test does N Ireland use and/or recommend? 
 
Response: 
 
Each test kit comes with the manufacturer’s instructions, which state the total number of 
amplification cycles that must be done for the specific assay.  This is not altered by Belfast 
Trust’s laboratory. 
 
The numerous PCR based assays for SARS-CoV2 used by the Regional Virus Laboratory in 
Belfast Trust employ Taqman technology.  Most Taqman based PCR assays run for 40 cycles 
- some for 45 cycles.  The manufacturer of the kit determines the total number of reaction 
cycles of a PCR test that should be done, along with mastermix volume, template volume, 
annealing temperature and PCR cycling conditions, dye wavelength channels and background 
fluorescence normalisation.   
 
However, your question may also be referring to cut off (Ct) thresholds for test positivity. 
 
A threshold Ct value is determined specifically for each kit and platform used for testing; a 
universal directive is not applicable, available or appropriate for determining cut off Ct values, 
given the substantial number of testing options not only for SARS-CoV2 but also for any virus, 
bacterial or fungal molecular diagnostic test. 
 
There are many SARS-CoV2 testing work streams in Northern Ireland, each with their own Ct 
threshold.  All laboratory tests undergo extensive validation to assess performance.  The 
results of any laboratory diagnostic test, be it PCR or other laboratory methods, is one 
element of the diagnosis of an individual.  All laboratory results must be considered within the 
clinical context and presentation of the individual.  Timing and quality of samples influence the 
likely detection of virus.  From a laboratory perspective, the Ct (cycle threshold) value is only 
one of a number of criteria that are considered when interpreting test results to assess 
positivity.  Before a result is issued, variables considered include reactivity in multiple SARS-
CoV2 gene targets, assessment of fluorescence levels, sigmoidal shape of amplification 
curves and confirmatory testing using assays with alternative specificity profiles, as 
appropriate.  This is in line with good laboratory practice and World Health Organisation 
papers on PCR for SARS-CoV2 detection. 


 
 
-2- 
FOI/24124 
 
 
Question: 
 
Please send me any directive or letter authorising this. 
 
Response: 
 
Belfast Trust do not have specific authorising letters or directives, as this is not not the way 
laboratory diagnostic testing works.  
 
There are many useful documents publically available from Public Health England (PHE) and 
the World Health Organisation (WHO) to aid in SARS-CoV2 diagnostics relevant to cycle 
thresholds - please see the links below for examples: 
 
Understanding cycle threshold (Ct) in SARS-CoV-2 RT-PCR (publishing.service.gov.uk) 
 
Assurance of SARS-CoV-2 RNA positive results during periods of low prevalence - GOV.UK 
(www.gov.uk) 
 
You may wish to peruse the PHE and WHO websites, should you require further 
documentation that may be helpful. 
 
https://www.gov.uk/government/organisations/public-health-england   
 
https://www.who.int/ 
 
If you are dissatisfied with the way in which we have handled your Freedom of Information 
(FOI) request, you may wish to complain. You should write to: Public Liaison Service, Belfast 
Health & Social Care Trust, Nore Villa, Knockbracken Health Care Park, Saintfield Road, 
Belfast BT8 8BH or alternatively e-mail: xxxxxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxx.xxxxx.xxx within two months 
of the date of this response and your complaint will be considered and a response provided, 
usually within 20 working days of receipt. 
 
Should you still be dissatisfied with the outcome, you can proceed to the second review stage 
by contacting the Information Commissioner, The Information Commissioner’s Office, Wycliffe 
House, Water Lane, Wilmslow, SK9 5AF who will undertake an independent review. It is 
important to note that if you refer any matter to the Information Commissioner, you will need to 
show evidence of having gone through the Trust’s review process to try to resolve the matter 
with the Trust in the first instance. 
 
If you require any further information or wish to discuss, please do not hesitate to contact 
me. 
 
Yours sincerely 
 
Public Liaison Officer