This is an HTML version of an attachment to the Freedom of Information request 'PCR amplification cycle number'.


 
 
 
Public Accountability Unit 
  T  020 8327 6920 
Wellington House 
 
133-155 Waterloo Road 
 
London SE1 8UG 
www.gov.uk/phe  
 
By email 
xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx@xxxxxxxxxxxxxx.xxx 
 
Our ref: 08/03/cf/2985 
17 March 2021 
Dear Vicky Stewart, 
 
Re: Case ref: 2985 - Freedom of Information - PCR amplification cycle number 
 
Thank you for your request received on 08 March 2021 addressed to Public Health 
England (PHE). In accordance with Section 1(1)(a) of the Freedom of Information 
Act 2000 (the Act), I can confirm that PHE does not hold the information as specified 
by your request.  
 
Request 
 
Regarding the use of the PCR test to test DNA samples for the viral RNA of the 
SARS-CoV-2 virus: 
 
How many amplification cycles are being used when searching for different 
hallmarks of the SARS-CoV-2 virus as standard? 
 
Please can you provide me with the number of amplification cycles used as 
standard for the aforementioned test on a weekly basis, from 1st March 2020 
up until today the 8th March 2021 when testing UK citizens  for SARS-CoV-2. 
 
If Public Health England is not the authority issuing guidance for the number 
of amplification cycles used, please direct me to the appropriate authority 
which is in charge of making this decision. 
 
Response 
 
Under Section 16 of the Freedom of Information (FOI) Act, public authorities have a 
duty to provide advice and assistance, please see the below information and 
guidance that explain PCR testing and cycle threshold. 
 
There over 80 different commercial PCR tests and several platforms used in the UK 
– each comes with its own standardised interpretation – some may provide Ct values 
some may not. All labs are asked to perform preliminary checks on the limits of 
detection and create a standard operating procedure based on guidance above to 
interpret a positive or negative result. 
 
 
 

The below document provides guidance for procedures to be implemented in 
laboratories to provide assurance of positive SARS-CoV-2 RNA results during 
periods of low prevalence, when there is a reduction in the predictive value of 
positive test results. 
 
This guidance is applicable to all laboratories to help guide the interpretation of 
positive results. The document provides background information, explains the 
problem and details actions that should be considered by all laboratories providing 
SARS-CoV-2 RNA testing. 
 
https://www.gov.uk/government/publications/sars-cov-2-rna-testing-assurance-of-
positive-results-during-periods-of-low-prevalence/assurance-of-sars-cov-2-rna-
positive-results-during-periods-of-low-prevalence 
 
There is an extensive menu of tests currently used to detect SARS-CoV-2 in a 
sample. Whilst most of these tests are PCR based, there are also assays that use 
alternative technology for the detection of SARS-CoV-2 nucleic acid. 
 
Currently there are over 80 different testing platforms in use across the various 
networks of laboratories and the thresholds for result interpretation will be configured 
in each case by the manufacturers of the assays and the instrumentation.  
 
Each laboratory will regularly assess the performance of their assays within their 
local quality management system. The results are monitored in accordance with 
defined quality control procedures. Whilst each laboratory has a statutory duty to 
report positive cases to Public Health England, additional information such as Ct 
values in the case of PCR tests, is not submitted. 
 
Understanding cycle threshold (Ct) in SARS-CoV-2 RT-PCR – may be a document 
that you find useful. Please see the link below: 
 
https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attach
ment_data/file/926410/Understanding_Cycle_Threshold__Ct__in_SARS-CoV-2_RT-
PCR_.pdf 
 
If you have any queries regarding the information that has been supplied to you, 
please refer your query to me in writing in the first instance. If you remain dissatisfied 
and would like to request an internal review, then please contact us at the address 
above or by emailing xxx@xxx.xxx.xx.  
 
Please note that you have the right to an independent review by the Information 
Commissioner’s Office if a complaint cannot be resolved through the PHE 
complaints procedure. The Information Commissioner’s Office can be contacted by 
calling the ICO’s helpline on 0303 123 1113, visiting the ICO’s website at 
www.ico.org.uk or writing to the ICO at Wycliffe House, Water Lane, Wilmslow, 
Cheshire, SK9 5AF. 
 
Yours sincerely  
FOI Team