This is an HTML version of an attachment to the Freedom of Information request 'Admissions statistics for Biotechnology J7OO'.

IMPERIAL COLLEGE LONDON 
 
B.Sc. Examination 2016 
 
This paper is also taken for the relevant examination for the Associateship of the Royal College of 
Science 
 
MOLECULAR BIOLOGY 
 
Wednesday 15 June 2016  10.00 - 13.00 
 
FOR FIRST YEAR STUDENTS IN BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY  
 
Answer ALL questions in SECTION A using the answer sheet provided. Answer THREE 
questions from SECTION B, C & D using a SEPARATE answer book for each answer. 
You must choose ONE from SECTION B and ONE from SECTION C and ONE from 
SECTION D. Each question has equal weight to section A (i.e. 25 marks). 
 
SECTION A 
This section consists of 25 compulsory multiple choice questions. Using the answer sheet 
provided, mark the box or boxes to indicate your answer. Some questions in this section 
have more than one correct answer. Credit will be given for all correct answers but you will 
be penalised with a negative mark for incorrect choices. You will not be penalised if you do 
not select an answer. 
 
1.  Which of the following statements regarding Illumina Infinium II whole genome genotyping 
is/are TRUE? 
 
A  The Infinium II protocol uses a single fluorescently labelled hapten.  
B  Oligonucleotide probes specific to a SNP locus are bound to very small beads. 
C  The Infinium II genotyping method involves a single base extension. 
D  Specific hybridization between the probe oligonucleotide and the genomic DNA determines 
which allele will be bound to the bead. 
E  The Illumina Infinium II assay tests SNP loci less than a 1kbp apart on average. 
 
2.  Which of the following statements regarding the Hardy Weinberg Equilibrium is/are TRUE? 
 
A  The genotype frequency of each homozygote is the square root of each allele frequency. 
B  The Hardy Weinberg Equilibrium applies in the case where there are multiple alleles of a locus. 
C  Hardy Weinberg Equilibrium does not apply in the case of sex linkage. 
D  The Hardy Weinberg Equilibrium does not allow for natural selection. 
E  The SNP in the HERC2 gene that gives blue eyes is not in Hardy Weinberg Equilibrium due to 
geographical isolation. 
 
3.  Which of the following statements regarding the effect of mutations on gene function is/are 
TRUE? 
 
A  Loss of function mutations will tend to be recessive. 
B  Mutations in the coding region of a gene will always have a phenotype. 
C  A leaky mutation is another word for a gain of function mutation. 
D  Mutations in introns can eliminate gene function. 
E  Dominant active mutations will usually lead to a loss of function. 
 
 






 
  
 
 


 
 
 
 
 
 
 
  
 



 
 
 
 
 
 
 
 
Which of the above molecules: 
4.  Contains a purine base? 
5.  Contains an amino base? 
6.  Is a precursor to RNA? 
7.  Is needed in the Polymerase Chain Reaction? 
 
8.  Which of the following statements regarding Mendel’s experiments is/are TRUE? 
 
A  Mendel allowed wind or insect born cross pollination between different pea plants. 
B  Mendel found that each of the traits that he studied consisted of two alternative forms, one of 
which was dominant and the other recessive. 
C  Mendel called the progeny from his original crosses the first filial generation or F1. 
D  The principle of segregation states that two genes sort independently of each other at meiosis. 
E  9:3:3:1 is an example of a monohybrid Mendelian ratio. 
 
9.  Which of the following statements regarding chromosomal linkage is/are TRUE? 
 
A  Curt Stern’s experiment looking at recombination between Bar and carnation showed that 
physical exchange accompanies genetic exchange. 
B  The closer together two genes are on the same chromosome, the smaller will be the 
interference between two crossovers between them. 
C  Double crossover progeny are always the smallest class in a tri-hybrid testcross. 
D  Linkage in corn is easy to measure because the genome is hexaploid. 
E  The unit of genetic distance is the milli-Morgan. 
 
 
 

10. Which of the following statements regarding nucleic acid purification is/are TRUE? 
 
A  RNA is less susceptible to changes of pH than DNA. 
B  Differential centrifugation can be used to purify rRNAs from other types of RNA. 
C  Nucleases require sodium ions for activity. 
D  Hydrodynamic forces can cause shearing of large nucleic acid molecules. 
E  Qiagen plasmid purification relies on cation exchange chromatography. 
 
11. Which of the following statements concerning the termination of transcription in E.coli is/are 
TRUE? 
 
A  The Rho protein factor is a dimeric DNA helicase. 
B  Rho dependent termination leads to unwinding of the DNA/RNA helix. 
C  Rho dependent termination requires GTP. 
D  Rho independent termination occurs at CA rich sequences in the RNA. 
E  Rho independent termination is caused by hairpin structures in the RNA. 
 
12. Which of the following statements regarding the charging of tRNAs is/are TRUE? 
 
A  Amino-acyl tRNA synthetases can recognize the variable loop region of tRNAs. 
B  Threonyl tRNA synthetase is unable to hydrolyse serine bound to tRNA threonine. 
C  Some amino acyl tRNA synthetases are dimeric. 
D  The charging reaction involves a dAMP-intermediate. 
E  The end product of the charging reaction is an amino acid covalently bound to the 2’-OH group 
of the ribose at the 3’ end of the tRNA. 
 
13. Which of the following statements regarding the properties of the DNA Polymerase I is/are 
TRUE? 
 
A  DNA Polymerase I is highly processive. 
B  DNA Polymerase I is composed of a single subunit. 
C  DNA Polymerase I uses single-stranded DNA as a template. 
D  DNA Polymerase I has a 3’-5’ exonuclease activity. 
E  DNA Polymerase I has no proof reading activity. 
 
14. Which of the following statements regarding gene identification by computers is/are TRUE? 
 
A  Long open reading frames are statistically extremely unlikely. 
B  Any DNA sequence has three potential reading frames. 
C  Promoter sequences are found downstream of the translation initiation site. 
D  Degenerate codons for a particular amino acid are equally likely in an open reading frame. 
E  ESTs provide verification for predicted gene sequences. 
 
15. Which of the following statements regarding RNA capping is/are TRUE? 
 
A  Capping is only carried out when the C-terminal domain of the RNA polymerase is 
phosphorylated. 
B  Capping modifies the 3’ end of the mRNA by the addition of a 7-methylguanosine. 
C  mRNA guanylyl transferase removes the - and - phosphates of GTP. 
D  Methylation occurs at the nitrogen 7 of the pyrimidine ring. 
E  RNA capping can be found in primary transcripts. 
 
 
 

16. Which of the following statements regarding RNA Polymerase II is/are TRUE? 
 
A  It does not share any subunits with any other RNA Polymerase. 
B  It is responsible for the transcription of tRNAs. 
C  It requires many additional transcription factors for initiation. 
D  It recognizes the -35 and -10 sequences for DNA binding. 
E  It is responsible for the transcription of mRNA, most snRNAs and miRNAs. 
 
17. Which of the following regulate the trp operon in E.coli
 
A  The Trp Repressor protein. 
B  Autoregulation. 
C  Attenuation. 
D  Negative Regulation. 
E  Positive Regulation.   
 
18. Which of the following is/are TRUE about bacterial transposons? 
 
A  They only carry genes required for their own mobilisation and insertion. 
B  They always replicate themselves during transposition. 
C  They can move from chromosome to plasmid DNA and vice versa. 
D  They create inverted repeats in the flanking host DNA during transposition. 
E  Transposase expression is required for mobilisation and insertion into a new site. 
 
19. Which of the following factors affect the efficiency of DNA hybridisation? 
 
A  GC content.  
B  Length of the hybrid. 
C  Na+ concentration. 
D  Temperature. 
E  Bovine Serum Albumin (BSA) concentration. 
 
20. Which of the following statements regarding T4 bacteriophage is/are TRUE? 
 
A  T4 phages always kill their host. 
B  1 in 104 T4 phage particles will incorporate host DNA. 
C  T4 phages only transfer specific regions of host DNA. 
D  A T4 replication cycle can be completed in approximately 20 min. 
E  A T4 replication cycle produces 10-100 viral particles.  
 
21. Which of the following statements regarding nucleic acid labelling is/are TRUE? 
 
A  Polynucleotide kinase can be used for END labelling. 
B  α32PATP can be used to replace the phosphate at the 5’ end of DNA fragment. 
C  32PdATP can be used for fill-in reaction by Klenow fragment, but not 32PdCTP. 
D  Fluorescein label can be introduced onto bases. 
E  Digoxigenin label can be introduced onto sugars. 
 
 

 
22. Genetic linkage maps in E.coli were initially created using which of the following factors? 
 
A  Temperate phages for fine mapping. 
B  Hfr strains for time of entry mapping. 
C  Auxotrophic strains. 
D  Naturally transformable bacteria. 
E  Genome sequencing. 
 
23. Which of the following statements regarding Type II restriction endonucleases is/are TRUE? 
 
A  They require ATP for cleavage. 
B  They always create sticky ends. 
C  They can recognise inverted repeat palindromes. 
D  They cannot be used to cut mammalian DNA. 
E  The reaction they catalyse is hydrolysis. 
 
24. Which of the following statements regarding DNA agarose gel electrophoresis is/are TRUE? 
 
A  Agarose is a linear polymer extracted from seaweed. 
B  Larger DNA fragments move faster than smaller fragments. 
C  The higher the voltage applied, the slower the DNA fragments move. 
D  Electrophoretic mobility decreases with increasing gel concentration. 
E  Unlike circular DNA, linear DNA separation is not due to the molecular sieving effect.  
 
25. Which of the following statements is/are TRUE? 
 
A  Oswald Avery identified DNA as the carrier of genetic material. 
B  Linus Pauling solved the structure of DNA. 
C  Rosalind Franklin isolated the first type II restriction enzyme. 
D  Kary Mullis developed the polymerase chain reaction. 
E  Arthur Kornberg isolated DNA polymerase I. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 


 
 
SECTION B 
 
Answer ONE question from this section, in a SEPARATE answer book 
 
 
26. Fat mice can be produced by two independently assorting genes. The homozygous genotype 
ob/ob produces a fat mouse called "obese" whilst its dominant allele Ob produces normal 
growth. ad when homozygous also produces a fat mouse called "adipose", and its dominant 
allele, Ad, produces normal growth. A completely homozygous strain of fat mice is crossed to a 
normal strain. The F1 are normal and on backcrossing to the fat strain, litters containing 40 fat 
and 20 normal pups are produced. When normal backcross progeny (i.e., the 20 above) were 
inbred 70 normal and 42 fat progeny were produced. 
 
(a)  Construct a genetic scheme that accounts for these data. Diagram the crosses using 
Punnett squares. (50%) 
 
(b)  Compare the data from both crosses with expectations based on your model using Chi-
square (see table at end of paper); departures should not be significant. (20%) 
 
A random pair of fat mice from the backcross progeny are mated (one male, one female). 
 
(c)  What is the probability that they will produce at least some fat pups (at least in theory)? 
(30%) 
 
Explain your reasoning throughout. 
 
 
27. You have amplified a 1.8 kbp PCR product of gene A using Taq DNA polymerase and a cDNA 
library as template. This PCR product was named fragment B. You then cloned fragment B into 
plasmid C by TA cloning, and this newly created plasmid is called plasmid D. The TA cloning 
site in plasmid C is located in the middle of LacZ gene, and there is a HindIII site just upstream 
of the TA cloning site, a BamHI site just downstream of the other side of the cloning site, and 
an EcoRI site 2.0 kb upstream of the cloning site. There is only one site for HindIII, BamHI, and 
EcoRI in plasmid C. The size of plasmid C is 4.3 kbp. Following ligation and bacterial 
transformation, positive clones were identified by blue/white selection. The restriction map of 
fragment B is shown below. There are no restriction sites for EcoRI and BamHI in fragment B. 
 
 
 
a)  In the blue/white selection, which colonies are likely to have the fragment B insert? Explain 
why. (20%) 
 
b)  Construct two possible restriction maps of plasmid D. The distances (in kbp) between each 
restriction sites should be indicated. Mirror images are not counted as separate maps. 
(40%) 
 
 
Question continues on next page 

c)  What are the fragment sizes for a HindIII + EcoRI digest of plasmid D? There are two 
possible combinations. (20%) 
 
d)  If you perform Southern blotting for HindIII + BamHI digested plasmid D using the 1.8kb 
fragment B as a probe, what is the expected size of bands? (20%) 
 
Explain your reasoning throughout. 
 
 
 
SECTION C 
 
Answer ONE question from this section, in a SEPARATE answer book 
 
 
28.  Describe what the nucleosome is in terms of both its composition and its function. 
 
29.  Describe the steps involved for mRNA processing into miRNAs and describe how they act as 
gene regulatory components. In particular describe the key role they play in C.elegans early 
stage larval development. 
 
30.  Describe how you would go about purifying nucleic acids from cells (prokaryotic or eukaryotic) 
and what chemical and physical properties you would exploit to do so. 
 
31.  Compare and contrast the relative roles of RNA and protein in the process of bacterial 
translation when proteins are synthesized. 
 
 
 
 
SECTION D 
 
Answer ONE question from this section, in a SEPARATE answer book 
 
 
32.  Conjugation and transformation can both aid in the acquisition of genetic material and hence 
bacterial evolution and diversity. Compare and contrast how these two processes occur 
highlighting how they can be differentiated in vitro
 
33.  Give an example of the application of gene cloning in agriculture. 
 
34.  With reference to the structure of eukaryotic genes, indicate how genes are identified from 
genome sequence using bioinformatic tools. 
 
35.  Describe how Mendel’s principle of Independent Assortment explains the dihybrid ratios he 
observed and explain why these ratios do not always apply at the genetic and chromosomal 
level. 
 
 
End of paper 
© Imperial College London