This is an HTML version of an attachment to the Freedom of Information request 'Calculations of expected vaccine deaths in PHS COVID-19 statistical report from 6 June 2021'.

Date              12 July 2021 
Our Ref 
Enquiries to 
Dear Steven Hammer 
Freedom of Information Reference: 2021-000654  
Thank you for your information request of 15th June 2021.  
“I would like to know how the figures for expected deaths in the vaccinated age groups 
published at
published on 6 June 2021 were calculated. 
Please could you release an MS Excel file, R script or similar file format showing how the 
expected deaths for each age group quoted in Tables 1 and 2 on pages 8 and 9 were 
I confirm that Public Health Scotland holds the information you have requested and that 
this can be provided to you. I enclose the following documents:  
  R Script Document Titled FOI 2021-000654 
This document outlines the analysis used to calculate the expected number of deaths in 
the 28 days following a Covid-19 Vaccination (number of days between vaccine and 
death/censor is 0-27, where 0 is the day of vaccination). Further details on the 
methodology are also included below. 
The rate_day variable was first calculated to give the background mortality rate. This was 
derived based on the 5-year average number of deaths and mid-year population 
estimates before the pandemic started, and was age, sex and month specific. 
For the vaccinated cohort, the number of persondays post vaccination date was then 
stratified by 5-year age group (agegp2), sex and month. Covid-19 vaccination started in 
December 2020 and data was only available for the publication up until May 2021 so the 
months included were 1, 2, 3, 4, 5 and 12 (see line 77 of the R script).  
The persondays in each age/sex/month combination were then multiplied by the 
corresponding rate_day to derive the expected number of death for each age/sex/month 
combination (see line 92: exp_event = persondays * rate_day column). Finally, the 
expected number of deaths was summed for the age groups reported in the published 
Please note that the script outlines the steps to calculate the expected number of deaths 
following a dose 1 vaccination as shown in Table 1 of the publication. The steps to 
calculate the expected deaths following a dose 2 vaccination are very similar. This 
involved changing the date of the first dose (date_vacc_1) to the date of the second dose 


in line 41, 43, 50 and 51, and omitting the code to censor persondays at the date of the 
second dose (lines 56 – 59). 
If you are unhappy with our response to your request, you have the right to request a 
review. Your request should be made within 40 working days of receipt of this 
correspondence, and we will reply within 20 working days of receipt. The review will be 
undertaken by a reviewer who was not involved in the original decision-making process. 
The reviewer can be contacted as follows:  
The FOI Reviewer  
Public Health Scotland  
Gyle Square  
1 South Gyle Crescent  
EH12 9EB  
If our decision is unchanged following a review and you remain dissatisfied, you have the 
right to make a formal complaint to the Scottish Information Commissioner within six 
months of receipt of our review response. You can do this by using the Scottish 
Information Commissioner’s Office online appeals service at If you remain dissatisfied with the Commissioner’s 
response, you then have the option to appeal to the Court of Session on a point of law.  
Encl: FOI 2021-000654 
Yours sincerely 
Scott Heald 
Director of Data Driven Innovation    
Public Health Scotland